พืชผล ปลา และ ต้นไม้ ตัดต่อพันธุกรรม

เกษตรกรที่ปลูกพืชต้านทานยากำจัดวัชพืชตัดต่อพันธุกรรม (จีเอ็มโอ) ต้องลงนามในสัญญาที่ระบุว่าถ้าพวกเขาเก็บเมล็ดพันธุ์ไว้ปลูกในปีถัดไป หรือใช้ยากำจัดวัชพืชที่ไม่ใช่ของบริษัทนั้น พวกเขามีแนวโน้มที่จะถูกฟ้องร้อง นอกจากนี้ การใช้ยากำจัดวัชพืชชนิดเดิมซ้ำๆ กระตุ้นให้วัชพืชพัฒนาตัวเองให้ต้านทานสารเคมีชนิดนั้นภายในระยะเวลาอันสั้น

นอกจากนี้พืชจีเอ็มโอที่ต้านทานไวรัสยังเป็นเป้าหมายของบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพด้วย ซึ่งมีข้อบกพร่องเช่นเดียวกัน เพราะมีหลักฐานทางวิทยาศาสตร์ว่าไวรัสสามารถดึงยีนส์ไวรัสจากพืชที่ต้านทานไวรัส ซึ่งอาจนำไปสู่ไวรัสสายพันธุ์ใหม่ในพืช

ละอองเกสรจากพืชที่ต้านทานไวรัสอาจถ่ายทอดคุณสมบัติต้านทานไวรัสออกสู่ธรรมชาติและวัชพืช จึงอาจทำให้เกิดวัชพืชสายพันธุ์ใหม่จากพืชที่เคยถูกทำลายโดยไวรัสแต่ปัจจุบันต้านทานไวรัสเหล่านั้น

นอกจากนี้ อุตสาหกรรมเทคโนโลยีชีวภาพ ยังประสบความสำเร็จในการดัดแปลงเทคนิคที่ถูกใช้มาหลายทศวรรษโดยเกษตรกรอินทรีย์ โดยใช้ Bacillus thuringiensis(Bt) ซึ่งเป็นแบคทีเรียในดินที่ผลิตสารพิษ

Bt เป็นตัวกำจัดแมลงบางสายพันธุ์ เช่น ดักแด้ และยาฉีดพ่นที่มีแบคทีเรียชนิดนี้มีค่าต่อเกษตรกรอินทรีย์มากในกรณีที่มีการแพร่พันธุ์รุนแรงของแมลงศัตรูพืช แต่ปัจจุบันพืชผลกำลังถูกดัดแปลงพันธุกรรมโดยใช้ยีนมีพิษจาก Bt เพื่อให้พืชเหล่านั้นมียาฆ่าแมลงในตัวเอง

สารพิษ Bt ดัดแปลงพันธุกรรม ต่างจากสารพิษ Bt ในเกษตรกรรมอินทรีย์ที่ถูกใช้เป็นบางครั้งอย่างมาก โดยพืชที่มีสารพิษ Bt ตัดต่อพันธุกรรมจะผลิตสารพิษ Bt ตัดต่ือพันธุกรรมตลอดการเจริญเติบโต โดยเริ่มผลิตเมื่อเมล็ดเริ่มแตกหน่อ ดังนั้นแมลงจึงได้รับสารพิษนี้อย่างต่อเนื่อง ทำให้อยู่ในภาวะกดดันให้พัฒนาคุณสมบัติต้านทานอยู่ตลอดเวลา

การศึกษาในห้องทดลองแสดงให้เห็นว่าพืช Bt อาจทำให้สารพิษ Bt ไหลซึมผ่านรากลงสู่ดิน สารพิษซึ่งอาจถูกปล่อยลงสู่ดินในขณะที่เกษตรกรผสมเศษพืชในพื้นดินหลังเก็บเกี่ยวจะสะสม และอาจเป็นอันตรายต่อระบบนิเวศของดิน